عوضًا عن استخدام الكائن الحي كاملًا، يمكن تحضير اللقاحات بدءًا من مكوناتٍ محددةٍ من العامل الممرض، يشير مصطلح اللقاحات تحت الخلوية subcellular إلى اللقاحات المصنعة بدءًا من عدة مكوناتٍ تابعة للعامل، بينما اللقاحات subunit فتشير إلى لقاحً محضرٍ من مكون واحد فقط للعامل الممرض كما يمكن للقاحات subunit أن تشتق من مجموعةٍ من المستضدات التابعة لفيروس مثل المحفظة أو البروتينات.
تعد اللقاحات تحت الخلوية ملائمةً بشكلٍ خاصٍ ومفضَّلةً عندما يكون الجزء أو المكون المسبب للمرض معروفًا.
وهي مستخدمة بشدة في العدوات البكتيرية حين تكون السموم أو الذيفانات (هي مكونات ممرضة منتجة من قبل البكتيريا) تسبب المرض عوضًا عن العامل الممرض الكامل، تم تطوير أول لقاحٍ تحت خلوي في العشرينات من القرن الماضي، وكان عبارة عن ذيفانات الديفتيريا والكزاز المثبطة.
بعض أنواع اللقاحات التحت خلوية المرخصة من قبل FDA تتضمن المكورات الرئوية والانفلونزا الدموية والبوريليا المسببة لداء لايم، تتضمن العوامل الممرضة في هذه اللقاحات البروتينات البكتيرية والبولي سكاريدات أو مزيجًا منهما معًا.
اللقاحات المقترنة مهمة بشكل خاص لتمنيع الأطفال تحت عمر السنتين، حيث لا تتعرف المناعة الخلوية لدى هؤلاء الأطفال على البولي سكاريدات كعوامل ممرضة، فعند اقتران البولي سكاريد مع